Z pamětní knihy farnosti se dovídáme, že v roce 1912 probíhaly v interiéru kostela rozsáhlé úpravy. Byly postaveny také nové dvou-manuálové pneumatické varhany. Mimo jiné tam čteme: „Varhany postavil Antonín Mólzer, varhanář z Kutné Hory. Byly dodány v ceně 5.380,- K. Staré varhany byly spáleny. Původně byly předloženy dva plány. Jeden renesanční a druhý barokní, který byl přijat a Biskupskou konzistoří schválen. Když byl dolní i horní kůr upraven, přivezl mistr varhanářský dne 24.6.1912 varhany a postavil je během jednoho měsíce. Byly natřeny na zeleno a proto musely být ještě přetřeny bílou barvou jako ostatní stěny. Opravený kostel i varhany, posvětil kanovník a kancléř P. František Kerner ve výroční den posvěcení chrámu, dne 20.10.1912". V sedmdesátých letech 20. století již varhany nehrály a zpěv při mši svaté byl doprovázen hrou na harmonium. Karel Synek společně s Václavem Uhlířem (dnešním diecézním organologem) je v roce 1979 rozebrali a v kostele z nich zůstala pouze přední část varhanní skříně. Měli v úmyslu postavit nové mechanické varhany. Vlivem různých okolností, zvláště ekonomických, nebyl tento záměr realizován. Snad to bylo tak správné. Domnívám se, že tehdy ještě neměli dostatek zkušeností k tomu, aby mohli postavit kvalitní nástroj. Proto z kostela v Nebeské Rybné společně převezli do kostela v Novém Hradci Králové varhanní vzdušnici, kterou Karel Synek umístil do stávající varhanní skříně, osadil jí píšťalami a doplnil jedním pedálovým rejstříkem a jednoduchým hracím stolem. Toto „varhanní provizorium" sloužilo v kostele až do května 2001.
Zcela zásadní událostí, která nám otevřela možnost postavit v kostele nové varhany, bylo navázání kontaktu se státním podnikem Lesy České republiky a jejím generálním ředitelem ing. Jiřím Olivou. Stalo se tak dopisem ze dne 30.3.1999. Společné jednání vedlo k tomu, že jsme dne 15.6.2000 podepsali darovací smlouvu, ve které se Lesy ČR, s.p. zavazují, že darují pro výlučný účel - rekonstrukce varhan v kostele sv. Antonína v Novém Hradci Králové částku 2.000.000 Kč. Stalo se tak na doporučení Ministerstva kultury ČR.
Na společném jednání dne 7.7.1999, kterého se zúčastnil také zdejší varhaník Martin Strejc a diecézní organolog Václav Uhlíř, bylo rozhodnuto vypsat výběrové řízení pro získání vhodné varhanářské firmy. Na základě zadání a prohlídky na místě měla každá firma vypracovat svoji nabídku a cenovou kalkulaci, včetně návrhu pořadí a nákladů na jednotlivé etapy. Bylo osloveno osm firem. Po prostudování jejich finančních, časových a technických nabídek a po konzultaci se sponzorem byla vybrána varhanářská dílna Kánský - Brachtl z Krnova, se kterou jsme dne 21.6.2000 podepsali smlouvu o dílo na stavbu nových varhan. Dne 15.10.2001 se ve výše zmíněné varhanářské dílně v Krnově uskutečnil poslední kontrolní den. Dnes máme možnost vidět i slyšet dokončené dílo - nové varhany. Vnímám to jako významný historický okamžik v dějinách kostela, farnosti i celého Hradce Králové.
Rád bych vyjádřil svou vděčnost již zemřelému Karlu Synkovi. Poděkování patří také místnímu varhaníkovi Martinu Strejcovi a diecéznímu organologovi prof. Václavu Uhlířovi, za jejich angažovanou pomoc a varhanářské firmě Kánský - Brachtl z Krnova za jejich zodpovědnou a pečlivou práci. Zvláště velké uznání patří státnímu podniku Lesy České republiky se sídlem v Novém Hradci Králové a jeho generálnímu řediteli ing. Jiřímu Olivoví, dále a.s. LAS ČZ v Českých Budějovicích a jejímu předsedovi JUDr. Tomáši Nebeskému za štědré sponzorské dary. Poděkování patří také mnohým farníkům za brigádnickou pomoc i finanční dary.
František Hladký, děkan